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En février 2005, pendant un exercice sur l'île de Shadow Moses près des côtes de l'Alaska, un groupe de soldats génétiquement modifiés, les « soldats génomes », sous le commandement de l'unité Fox Hound se rebellent et prennent le contrôle des installations nucléaires. Le leader de la rébellion, Liquid Snake menace la Maison Blanche d'un tir nucléaire si les restes de Big Boss, le plus grand soldat du XX^e siècle, et un milliard de dollars ne leurs sont pas remis.

À la demande du secrétaire à la défense, Roy Campbell, un ancien commandant de l'unité Fox Hound revient de sa retraite et demande l'aide de Solid Snake, un soldat d'élite, spécialiste de l'infiltration et ancien membre de Fox Hound, pour sauver les otages et éliminer la menace nucléaire. Solid Snake doit infiltrer le complexe aidé à distance par une équipe de spécialistes composé de Roy Campbell, Mei Ling, Naomi Hunter, Nastasha Romanenko et Master Miller.

Les otages 

Peu après avoir réussi à infiltrer le complexe, Snake localise les cellules où sont détenus Donald Anderson, le chef du DARPA (Defense Advanced Research Project Agency), et Meryl Silverburgh, une bleue qui est en fait la nièce du Colonel (si elle meurt a la fin on apprend que c'est en fait sa fille). Cependant Anderson meurt d'une crise cardiaque peu après lui avoir expliqué que seul deux codes peuvent activer les armes nucléaires ; l'un étant détenu par lui (mais qu'il aurait révélé après une intrusion mentale de Psycho Mantis dans son esprit), et l'autre par Baker, le président d'ArmsTech. Meryl profitant d'un moment d'inattention du garde, Johnny Sasaki, s'enfuit avec l'aide de Snake.

Peu après, Snake trouve Kenneth Baker qui — après un duel entre Snake et Revolver Ocelot, auquel met fin un mystérieux ninja en coupant la main d'Ocelot — lui explique que pour désactiver le Metal Gear, un tank mobile pouvant lancé des missiles nucléaires conçue sur l'ile, il doit se servir d'une cartes variant selon la températures qui a été confiées à Meryl. Baker meurt lui aussi d'une crise cardiaque, inquiétant Snake sur les raisons de ces morts subites.

Snake continue sa route, affronte Vulcan Raven, puis le mystérieux ninja (allias Gray Fox mais on l'apprend à la fin du combat et DEEPTHROAT (on le sait quand Fox aide Snake contre le MG-Rex et revèle son lien avec Naomi) et enfin, fait la rencontre d'Hal Emmerich, un scientifique ayant participé au développement du Metal Gear. Meryl et Snake s'organisent alors pour rejoindre le hangar où se trouve le Metal Gear REX. De plus, Meryl donne à Snake la seule carte qu'on lui avait confiée. Sur la route, ils éliminent Psycho Mantis puis Meryl est sévèrement blessée par Sniper Wolf qui les a pris en embuscade. Snake rebrousse chemin pour récupérer une arme de tir à distance (un PSG-1) mais à son retour, Meryl a disparu. Snake affronte Wolf et parvient à la mettre KO. Alors qu'il se dirige vers la position de Sniper Wolf, celle-ci fait irruption avec des soldats et le capture.

Le choix 

Le leader présumé des terroristes, Liquid Snake révèle alors que lui-même et Solid sont deux frères, clones génétique de Big Boss, issu du projet « Les Enfants Terribles » (en français dans le texte). Ce projet avait pour but de créer le guerrier le plus puissant possible en utilisant comme modèle Big boss, c'est-à-dire le plus grand soldat du 20ème siècle. Liquid avoue haïr Snake car celui-ci aurait reçu les gènes dominants de l'ADN de Big Boss alors que lui, n'aurait que les gènes récessifs et surtout aussi parce qu'il désirait se venger de son père Big Boss de lui avoir donné les gènes récessifs, désir qui lui a été ôté par Solid Snake. Snake est ensuite torturé par Revolver Ocelot qui cherche à obtenir des informations. Le joueur est alors soumis à un choix qui influencera la fin du jeu. Il peut choisir de résister à la torture, où d'abandonner. Il est ensuite emprisonné dans une cellule avec le cadavre de Donald Anderson. Il faut aussi préciser que si on résiste a la torture, on gagne le bandana de Meryl à la fin du jeu qui permet d'avoir les munitions infinies. Si on ne résiste pas (en appuyant sur Select) Meryl sera tuée et à la fin vous recevrez le camouflage optique.

En direction du Metal Gear 

Snake s'échappe finalement, et parvient à rejoindre la porte du hangar où est entreposé le Metal Gear après avoir vaincu Liquid aux commandes d'un Hind-D et Sniper Wolf dans un second duel aux fusils à lunette. Master Miller, le contacte alors pour lui annoncer qu'il soupçonne Naomi Hunter d'avoir menti. Solid rencontre alors Vulcan Raven. Celui-ci, blessé et sur le point de rendre son dernier souffle lui révèle que le chef du Darpa qu'il avait vu mourir était en fait Decoy Octopus déguisé. Snake et Roy Campbell sont ensuite informés par Miller que Naomi a envoyée à plusieurs reprises des messages codés vers l'île de Shadow Moses ; Miller l'accuse donc d'être une traîtresse à la solde de Fox Hound. Il révèle aussi que Snake est le porteur du virus « FoxDie » ; un virus génétiquement modifié permettant de tuer, en simulant une crise cardiaque, des personnes spécifiques qui rentrent en contact avec le virus ou le porteur.

Snake atteint le Metal Gear, et rejoint la salle de contrôle. Otacon, qui a réussi à pirater les fichiers concernant le Metal Gear, explique à Snake le secret de la carte. Conçu dans un matériau thermo-déformable, cette carte change de forme suivant sa température. Snake utilise donc sa carte trois fois après avoir pris soin de la faire changer de température.

La destruction du Metal Gear 

Une alarme se déclenche aussitôt confirmant l'activation des armes nucléaires . Au grand désarroi de Solid Snake, Miller révèle sa véritable identité, Liquid Snake, et lui explique alors comment il l'a manipulé depuis le début ; le chef du Darpa était mort sous la torture avant d'avoir révélé son code de mise à feu, Baker leur avait avoué l'existence des trois clés avec lesquelles Solid Snake vient d'activer l'arsenal nucléaire au lieu de l'arrêter.

Liquid prend alors place dans le cockpit du Metal Gear REX. Il ne reste plus qu'une seule solution à Solid pour enrayer la menace nucléaire : le détruire. Le combat commence, et alors que Liquid prend le dessus, le ninja fait son apparition. Il révèle à Snake qu'il n'est autre que celui qui avait adopté Naomi après avoir tué ses parents. Puis, Gray Fox détruit le radar du Metal Gear au prix de sa propre vie. Liquid, privé de radar et obligé d'ouvrir le cockpit s'il ne veut pas rester aveugle, s'expose ainsi au danger. Enfin, Snake réussit à détruire le Metal Gear mais perd connaissance après l'explosion occasionnée par la destruction du Metal Gear.

À son réveil sur le haut de la carcasse du Metal Gear, Liquid lui parle du projet « Les enfants terribles » et lui montre le corps inanimé de Meryl (suivant le choix effectué pendant la séance de torture, Meryl est vivante ou non, vivante si le joueur était parvenu à résister, morte sinon). Campbell rentre alors en contact avec Snake pour lui expliquer qu'il avait été démis de ses fonctions par le secrétaire à la défense Jim Houseman qui avait l'intention de lâcher une ogive nucléaire sur le site afin de supprimer toute trace de la rébellion. Liquid, avide de revanche, engage un combat au corps à corps avec Solid Snake qui parvient à pousser Liquid dans le vide. Snake retrouve ensuite soit Meryl, soit Otacon (suivant le choix effectué lors de la séance de torture). Ils prennent place dans une Jeep et s'engagent dans un tunnel rejoignant la sortie. Cependant, Liquid est lui aussi dans une Jeep à leurs trousses. Après un affrontement violent tout le long du tunnel, les deux jeeps se percutent et se renversent à la sortie du tunnel. Liquid, qui n'est toujours pas mort, est sur le point d'achever Snake, mais il meurt, brutalement frappé par le virus FoxDie.

Finalement, Campbell qui a retrouvé ses pouvoirs sur l'impulsion du président George Sears annule le tir nucléaire, et aide Snake à disparaître dans la nature et à le faire passer pour mort

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• Auteur: Fujisawa Tôru
• Origine: Japon
• Année de création: 2004
• Titre original: Tokkô

Ranmaru Shindou vit avec sa sœur après que leurs parents furent massacrés lors d'un incident. Aujourd'hui inspecteur, il enquête sur des cas similaires, un peu partout en ville. De plus, il rêve chaque nuit d'une mystérieuse jeune fille. Lors d'une enquête, un groupe spéciale, la TOKKO, débarque et il aperçoit alors cette jeune femme. La TOKKO demande à Ranmaru de les rejoindre. Il accepte car il espère ainsi comprendre le meurtre de ses parents. Mais il va vite découvrir un monde qui le dépasse...